SHINOBI: Art of Vengeance

พล็อตเรื่องของภาคนี้จะกล่าวถึง ENE Corporation องค์กรระดับกองทัพซึ่งนำโดยวายร้ายนามว่า Lord Ruse (อ่านว่า ลอร์ด รูส) ที่นำกองกำลังบุกรุกรานเมืองต่าง ๆ ทั่วโลก ทั้งยังขโมยวัตถุโบราณที่มีพลังอำนาจอันลึกลับทำให้ลอร์ดรูสเป็นอมตะเมื่อได้ครอบครองมัน และเพื่อไม่ให้ใครหน้าไหนโผล่มาเป็นเสี้ยนหนามในแผนการยึดครองโลก ลอร์ดรูสจึงส่งกองกำลังมาบุกสำนักนินจาโอโบโระของโจ มุซาชิ จนเหล่าศิษย์ของโจต้องล้มตาย บ้างก็กลายสภาพเป็นหินไปจนเกือบหมด ซึ่งโจในฐานะผู้รอดชีวิตจากโศกนาฏกรรมนี้ต้องออกไปล้างแค้นแก่ทุกคนและโค่นลอร์ดรูสลงให้ได้