エスメラルダ城塞
เดินตรงขึ้นไปจะพบจุดเซฟ แต่ทางขึ้นไปต่อจะมีหนามขวางไว้ ให้เราเดินกลับไปแล้วไปทางซ้ายจะมีทางให้อ้อมขึ้นมาได้ จากนั้นเดินผ่านต่อไปทางขวา จะพบบอส ヘンネ (เฮนเน) มากับสมุน 2 ตัว
แล้วเราจะพบสวิตช์ปิดหนามในตอนแรก กลับไปเซฟแล้วปีนบันไดกลับขึ้นมาจะพบสวิตช์อีกอันทางซ้ายเพื่อเปิดประตู เข้าไปเรื่อยๆ จะพบบอส 沙夜(ซายะ) กับสมุน 2 ตัว
เมื่อกำจัดได้จะมีทางแยกไปต่อซึ่งแยกทางซ้ายจะพบศัตรูคือปีศาจวัว 毒牛頭 และ ヴァラレス 2 ตัว และจะมีสวิตช์ให้เปิดทางเก็บไอเทม ส่วนแยกทางขวาจะพบปีศาจม้า 毒馬頭 และハートレス 2 ตัว เมื่อชนะแล้วจะมีสวิตช์ให้เปิดทางเก็บไอเทมและเราจะพบ KOS-MOS จากเกม Xenosaga ซึ่งเราจะได้เธอเป็นพวกด้วย
เมื่อถึงตอนนี้เราจะมี ロート・プレート, リラ・プレート. ゲルプ・プレート และ ブラウ・プレート จากหีบไอเทม ให้กลับไปฉากที่สู้กับซายะ จะมีแท่นที่มีเสาสี่ต้นล้อมให้ใส่ไอเทมทั้งสี่บนเสา เราจะขึ้นลิฟต์ไปยังชั้นต่อไปได้ และจะต้องแก้ปริศนาหมุนรูปปั้นให้ถูก โดยห้องแรกจะมีรูปปั้น 4 ตัว ให้เรากดหมุนหันทิศทางของรูปปั้นตามนี้ →, ←, ←, ← เมื่อทำแล้วให้สำรวจกระจก และเลือกข้อล่างสุด จะทำให้ประตูเปิดออกส่วนในห้องถัดมาให้หันตามนี้ ←, →, →, ↓ จากนั้นสำรวจกระจกเลือกข้อล่างสุดก็จะเปิดอีกประตู และเมื่อเดินต่อไปก็จะพบบอส ドロシー (โดโรธี) และสมุน 3 ตัว
เมื่อชนะเธอแล้ว เธอจะให้ไอเทม アルギュロス มาซึ่งทำให้เราสามารถทำลายผลึกสีฟ้าได้แล้ว จากนั้นเดินมาทางตะวันตกจะพบกำแพงเมืองที่ไม่สามารถผ่านได้ แต่เราจะพบว่าครอสเกททางตะวันออกใช้งานได้แล้ว ให้เดินทางกลับไปยัง ロストエレンシア (สถาณที่เริ่มเกมในตอนแรก)
ロストエレンシア
กลับไปที่ยาน ツァイト・クロコディール จะทราบเรื่องของแฟนธอมใน マイティエーラ จากนั้นให้เข้าไปยัง マイティエーラ
マイティエーラ
ไปยังประตูเลเวล 2 แต่เราจะพบบอส アーベント (อาเบนท์) และสมุน WRナイト 2 ตัวดักรออยู่
เมื่อชนะแล้วใช้การ์ดเปิดประตูเข้าไป จะพบมอนิเตอร์ฉายรูปโรบอทและแอนดรอยต่างๆ จากจุดนี้ถ้าไปทางขวาจะได้เก็บไอเทม オリハルコニウム ซึ่งเราปิดลำแสงป้องกันไว้ตั้งแต่ช่วงแรกของเกม ย้อนกลับขึ้นไปด้านบน จะพบห้องที่มีแคปซูลแอนดรอยเต็มไปหมด สำรวจแคปซูลให้ทั่วแล้วเดินออกมา ก่อนออกเราจะพบบอส ファントム (แฟนธอม) กับ カルディア (กัลเดีย)
เมื่อชนะแล้วกัลเดียจะหนีไป และเราจะเก็บซากของแฟนธอมที่เสียหายไปซ่อมแซม ซึ่งจากนี้ไปเราจะได้แฟนธอมมาใช้งานเป็นยูนิตซัพพอร์ทด้วย จากนั้นเราจะไป シュラーフェン・セレスト เพื่อเก็บไอเทมจากผลึกสีฟ้าก็ได้แต่จะยังไม่มีอีเวนท์ที่นี่ เมื่อเรียบร้อยแล้วให้เดินทางเข้าครอสเกทอันบนซ้ายไปยัง 神楽天原
神楽天原
ขึ้นตะวันออกเฉียงเหนือไปยัง滅魏城 อีกรอบ
滅魏城
ไปยังห้องที่มีกลุ่มผลึกสีฟ้าแต่อย่าเพิ่งตีผลึก ให้เหยียบสวิตช์ก่อน จากนั้นผลึกจะกะพริบทีละอัน ให้จำลำดับการกะพริบไว้แล้วตีผลึกตามลำดับ แล้วจะปรากฏไอเทมป้องกัน キジムナーの仮面 จากนั้นเดินขึ้นบน ทำลายผลึกเปิดทางเข้าไปจะพบจุดเซฟ และจะพบบอส ナハト (แนทซ์) กับสมุน WRアイアン 2 ตัว
หลังจากนั้นมันจะหนีไป ให้เราเดินต่อไปจะพบบอสอีกกลุ่ม 守天(ชูเทน) และ 沙夜 (ซายะ) กับสมุน アインストナーゼ 2 ตัว โดยเกมบังคับให้เราต้องนำสุซุกะเข้าต่อสู้ด้วย
เมื่อชนะแล้วทั้งสองจะหนีไป ทางซ้ายจะมีลิฟต์ไปยังชั้นล่าง จากนั้นเดินเก็บไอเทมตามทางต่อไปจะพบผลึกสีฟ้าปิดทางออกอยู่ ให้เราเจาะเข้าไปจะมาโผล่ยังน้ำตกเหนือพระพุทธรูป และเมื่อเราพยายามจะออกจากฉากนี้ก็จะพบบอส乙音 (โคโตเนะ) และสมุน 裏玄武・上忍 3 ตัว
เมื่อชนะแล้วให้กลับロストエレンシア กลับไปที่ยานツァイト・クロコディール จะมีคำสั่งให้เรานำยานไปชนประตูใหญ่ (大きい門に突入)
エルフェテイル
เราจะทะลวงผ่านประตูกำแพงเมืองมาได้และจะมีทางไปต่อด้านทิศตะวันตก จะพบเรือของแอนและให้เดินต่อไปจนเห็นรถถังแมวยักษ์ ไจแอนท์เมกัสเคลื่อนที่ ให้เรากลับไปที่ยาน จะมีคำสั่งให้ไล่ตามไจแอนท์เมกัสไป แล้วเราจะบุกเข้าไปข้างในได้
ジャイアント・マーカス号
เมื่อเข้ามาจะพบจุดเซฟ ไปทางขวาเรื่อยๆ จะพบจุดให้ทำลายเก็บไอเทมมากมายแต่ไม่ซับซ้อน เมื่อเดินมาได้อีกหน่อยจะพบบอส ルボール (ลูบอล) กับ 琥魔 (โคมะ) และสมุน ドラグーン・ボンバー 2 ตัว
เมื่อชนะแล้วเดินผ่านห้องเครื่องซึ่งจะมีจุดเซฟด้วย ไปทางขวาเรื่อยๆ จนพบบอส エイゼル(เอเซล) และ カッツェ (กัสซี่) มากับสมุนอีก 2 ตัว
เมื่อชนะแล้วเราจะไปอยู่ยังเมือง マーカス・タウン กัสซี่จะรออยู่ คราวนี้เขาจะมาขายไอเทมให้เราแทน และจะมีจุดพักแรมและจุดเซฟ เมื่อเรียบร้อยแล้วให้เลือกคำสั่งไปยังพีระมิด ドゥルセウス
ドゥルセウス封墓
ในนี้จะพบจุดเซฟค่อนข้างถี่ ซึ่งตรงจุดเซฟที่สามเราจะพบวิญญาณ 6 ดวงลอยเข้าไปในโลง ให้สังเกตวิญญาณสีแดงและน้ำเงิน จากนั้นเดินขึ้นชั้นบนไปผลักแท่นหินมาทำลายโลงศพให้ถูก ซึ่งถ้าทำลายเกินก็ต้องสู้กับวิญญาณอื่นด้วย จากนั้นประตูจะเปิดออกและเราจะต้องสู้กับบอส キュオン (คิวออน) อีกครั้ง
เมื่อชนะแล้วเข้าปะตูไปจะพบพื้นที่จะพ่นไฟขึ้นมาเป็นจังหวะ ถ้าพลาดไปโดนต้องเสีย HP ถึง 10% จากนั้นจะพบจุดเซฟ ให้สังเกตกำแพงที่มีงูกะพริบ จะสามารถทำลายเข้าไปได้ และจะพบบอส ヘンネ (เฮนเน่) อีกครั้ง
เมื่อชนะแล้วจะมีทางให้พังไปต่อ และจะมีกลไกให้เข็นหินสามเหลี่ยมไปยังเป้าหมาย ซึ่งต้องทำลายหินรอบๆ เสียก่อน โดยทางซ้ายจะเป็นไอเทม ส่วนทางขวาจะเป็นทางไปต่อ เดินลงมาจะพบจุดที่ต้องเข็นเสาหินเชื่อมทาง และเป็นการเปิดทางเชื่อมไปยังจุดเริ่มต้นในตัว เดินต่อมาทางซ้ายจะพบจุดให้เข็นเสาหินอีกจุด และไปต่อทางซ้ายเรื่อยๆ จะพบบอส สุดท้ายของฉากนี้ T-elos กับสมุน 2 ตัว
เมื่อชนะก็ออกจากฉากนี้ได้แล้ว หลังจากพบกัสซี่ให้เลือก 砂漠の入 เพื่อออกจากทะเลทราย แล้วมุ่งหน้าไปทางตะวันตกเพื่อพบกัปตันแอนที่เรือ サイレント・ウォークス ให้เลือก ヴィルキュアキント เพื่อนำเรือผ่านครอสเกทไปยัง ヴァルナカナイ
ヴァルナカナイ
ヴィルキュアキント
จากจุดเริ่มเดินมาทางซ้ายระยะนึงจะต้องทำลายผลึกสีฟ้าเพื่อเปิดทาง และไปต่อจนพบจุดเซฟที่สอง จากตรงนี้ถ้าไปทางขวาจะพบไอเทมS-アダプター จากนั้นเดินลงมาแล้วอ้อมวนทางซ้ายมาเรื่อยๆ จะพบเถาวัลย์ด้านบนให้ปีนไปเก็บ人魚の涙 จากนั้นกลับลงมาจะพบแท่นหินที่ต้องทำลายผลึกสีฟ้าให้เคลื่อนที่ ทำให้แท่นหินตกลงมาถมเป็นทางเดินทั้ง 2 จุด แล้วทางขวาเราจะพบจุดเปิดเถาวัลย์เชื่อมกลับไปยังจุดเซฟ จากจุดเซฟจะสามารถไปทางซ้ายได้แล้ว และจะพบเถาวัลย์ให้ปีนไปชั้นล่าง พบจุดเซฟที่สามและจะต้องสู้กับบอส アン (แอน) และ ボニー (โพนี่) อีกครั้ง
เมื่อชนะแล้วควรกลับไปเซฟก่อน เพราะเดินต่อไปอีกนิดก็จะเจอบอสแล้วโดย ナハト (แนทซ์) และ アーベント (อาเบนท์) จะมาพร้อมกันเลย ซึ่งเมื่อเราชนะแล้วจะได้ทั้งสองมาเป็นยูนิตซัพพอร์ท ตอนนี้ควรเดินกลับไปเซฟก่อนเพราะเดี๋ยวจะต้องเจอบอสสุดท้ายของฉากนี้ ??? (อาร์คเกน)
แล้วเราจะได้ ミントカイル結晶 มา ให้นำกลับไปให้โดโรธี โดยเลือกไป エルフェテイル南部 ก็จะมาโผล่ข้างๆ エスメラルダ城塞 เลย
エスメラルダ城塞
นำ ミントカイル結晶 ไปให้โดโรธี แล้วเราจะได้รับ アントラクス ที่ใช้ทำลายผลึกสีแดงได้ ซึ่งตอนนี้เธอจะมีไอเทมคุณภาพสูงราคาแพงๆ ขายด้วย ทำลายผลึกแดงใกล้ๆ จะได้ไอเทม 金の帽子 เมื่อหมดธุระแล้วให้กลับออกมา นั่งเรือไปที่ エルフェテイル北部 ทำลายผลึกสีแดง แล้วเราจะขึ้นต้นไม้ไปยัง フォルミッドヘイム แต่ให้ระวังว่าฉากต่อไปนี้จะค่อนข้างยาว และจะไม่สามารถกลับออกมาได้จนกว่าจะผ่าน ควรเตรียมตัวซื้อหาไอเทมให้เรียบร้อยก่อน
フォルミッドヘイム
ウエスト・オリトリア
ตรงไปทางซ้ายจนพบทางให้เข้าไป ในนั้นจะพบจุดเซฟและจุดฟื้นพลัง เดินทางต่อไปด้านบนจะพบบอส ルボール (ลูบอล) และ ドロシー (โดโรธี)
เมื่อชนะแล้วให้เดินต่อมาทางขวา เข็นโลง 2 อันให้ลงตำแหน่งแล้วจุดวาร์ปจะใช้งานได้ แต่ตอนนี้จะไปได้แค่เอาหีบเดียว เดินต่อมาทางขวาของจุดวาร์ป เดินตามทางไปตะวันออกเรื่อยๆ จนพบทางเข้าอีกแห่ง แล้วจะพบโคมะมาขายไอเทมให้ และจุดเซฟอีกแห่งจากนั้นเดินขึ้นไปจะพบบอส 沙夜 (ซายะ), 毒馬頭 และ毒牛頭
เมื่อชนะแล้วให้เดินต่อมาทางซ้าย เข็นโลง 2 อันให้ลงตำแหน่งแล้วจุดวาร์ปจะใช้งานได้แต่ยังไม่ต้องสนใจ ให้เดินออกมาทางซ้ายจนพบหอขนาดใหญ่ バレリアネア塔 ซึ่งยังเข้าไม่ได้ ให้อ้อมทางซ้ายวนไปจนพบซากยานสีเขียว เข้าไปแล้วจะพบบอส カルディア (กัลเดีย) และ T-elos มากับสมุนอีก 2 ตัว ซึ่งเกมจะบังคับให้เรานำอาเชนลงต่อสู้
เมื่อชนะแล้วเราจะได้ 古風なカギ สำหรับเข้าหอ バレリアネア塔 และกระแสไฟฟ้าที่พื้นบางส่วนจะหายไปด้วย
バレリアネア塔
จะพบจุดเซฟและทางแยก 3 ทาง ให้ไปทางซ้ายและขวาก่อน ทำลายเสาผลึกจะพบจุดวาร์ป วาร์ปไปเก็บไอเทมและเปิดสวิตช์พื้น จากนั้นจึงเข้าไปตรงกลางซึ่งจะพบบอส カッツェ (กัสซี่)
เมื่อชนะแล้วทำลายเสาผลึกทั้งสองข้าง ประตูจะเปิดออก ในนั้นจะมีรูปปั้นมากมาย ต้องทำลายเพื่อเปิดทาง และบางอันจะมีไอเทมอยู่ด้วย แต่ก็จะมีโอกาสเจอศัตรูอยู่เช่นกัน หาทางขึ้นไปทางซ้ายบน จากนั้นทำลายเสาผลึกแล้วจะพบจุดเซฟ จากนั้นไปทางขวาและทำลายเสาผลึกอีก 4 ต้นแล้วจะพบลิฟต์ จากนั้นทำลายเสาผลึกอีก 2 ต้น ก็จะพบทางวาร์ปไปหาบอสสุดท้ายของฉากนี้ エイゼル (เอเซล), ヘンネ (เฮนน่า) และ キュオン (คิวออน)
เมื่อชนะเราจะได้การ์ดคีย์เลเวล 3 カードキーLv. 3 กลับไปที่ครอสเกท เพื่อวาร์ปกลับไป エルフェテイル จากนั้นขึ้นเรือไป エルフェテイル南แล้วเข้าครอสเกทกลับไป ロストエレンシア
ロストエレンシア
マイティエーラ
ใช้การ์ดเลเวล 3 เปิดประตู แล้วเข้าไปเปิดสวิตช์สำรวจแคปซูล จะพบบอส アークゲイン และアインストハーケン 2 ตัว ซึ่งเกมจะบังคับให้เราใช้ฮาเคนลงต่อสู้
เมื่อชนะแล้วให้กลับยาน ツァイト・クロコディール เพื่อคุยกับจอห์น จากนั้นเดินทางเข้าครอสเกทอันบนซ้ายไปยัง 神楽天原
神楽天原
ไปที่เมืองของคางุยะ แล้วเลือก不死桜へ
不死桜・内部
เราจะเดินเข้าไปในศาลาได้ เดินตามทางไปเรื่อยๆ จะพบบอส 琥魔 (โคมะ) และสมุน オロチ 2 ตัว
จากนั้นเดินต่อไปเรื่อยๆ จะออกมายังหน้าผาซึ่งจะมีเถาวัลย์ให้ปีนเก็บไอเทมดีๆ ส่วนทางไปต่อจะอยู่ที่เถาวัลย์ใหญ่ด้านซ้าย ซึ่งเมื่อปีนขึ้นไปจะพบบอสชุดใหญ่คือ乙音 (โคโตเนะ), 守天 (ชูเทน), ปีศาจม้า และปีศาจวัว ซึ่งเกมจะบังคับให้เราใช้คางุยะ
เมื่อชนะแล้วเราจะกลับมายัง ロストエレンシア เอง เตรียมตัวซื้อไอเทมเพื่อมุ่งสู่ศึกสุดท้าย
ロストエレンシア
シュラーフェン・セレスト
เข้าไปจนถึงห้องที่มีเครื่องเคลื่อนย้ายมวลสาร แล้วเปิดประตูกลางเข้าไป แล้วเราจะไปถึงห้องใหญ่ที่มีเครื่องจักรกับจุดเซฟ ใกล้ๆ จุดเซฟจะมีลิฟต์ที่ยังใช้งานไม่ได้ ให้เราไปสำรวจทางฝั่งขวาจะพบประตูและจะต้องสู้กับ アインストカグヤ 4 ตัว จากนั้นเดินเข้าประตูไปเปิดสวิตช์พลังงาน ขึ้นลิฟต์แล้วเดินไปทางขวาจนพบห้องคอมพิวเตอร์ ทางขวาของห้องจะมีเครื่องที่ใช้เรียกลิฟต์อีกตัว กลับออกจากห้องแล้วลงลิฟต์ไปเปิดสวิตช์ 2 จุด จากนั้นกลับไปยังห้องคอมพิวเตอร์ จะพบบอสชุดใหญ่คือ T-elos, 沙夜 (ซายะ), ไอนส์เรจิ และไอนส์เชามู ซึ่งเกมจะบังคับให้เราใช้เรจิและ KOS-MOS
เมื่อชนะแล้วเปิดเครื่องยิงปืนใหญ่เพื่อเปิดวาร์ปโฮล แล้วเราจะกลับออกมาข้างนอกเอง เมื่อเราเตรียมตัวพร้อมจะไปสู้กับบอสใหญ่ของเกมแล้ว ให้กลับมาที่ยาน ツァイト・クロコディール แล้วเลือก シュラーフェン・セレストへ
*แต่ถ้าเข้าไปฉากสุดท้ายแล้วเราจะกลับออกมาไม่ได้อีก
*ถ้ากลับขึ้นต้นไม้ไปยัง フォルミッドヘイム จะมีหอทางด้านเหนือที่จะมีอาวุธสุดยอดZ・O・ソード แต่จะมีศัตรูที่แข็งแกร่งเฝ้าอยู่
アインストレジセイア
จะมีโคมะมาขายไอเทมให้เรา แต่จะกลับไปโลกภายนอกไม่ได้แล้ว ทีนี้เราจะพบแต่บอสชุดสุดท้ายเท่านั้น เริ่มจากヴァールシャイン・リヒカイト กับ アインストアークゲイン ต่อด้วยアインストファントム, アインストナハト และ アインストアーベント
และสุดท้ายจะพบヴァールシャイン・リヒカイト ร่างสมบูรณ์