ช่วงปลายของยุคเซ็นโกคุ แม่ทัพใหญ่นามว่า อิชชิน อาชินะ ได้ก่อการรัฐประหารและเข้ายึดครองดินแดนอาชินะไว้ทั้งหมด สงครามที่เกิดขึ้นนี้ทำให้เกิดการรบราไปทุกหนแห่ง ผู้คนล้มตายเป็นผักปลา และในมุมหนึ่งของสมรภูมิ เด็กกำพร้าไร้นามคนหนึ่งก็ถูก ฟุคุโร่ ที่เป็นนินจาพเนจรมาพบเข้า เจ้าหนูน้อยจึงได้ถูกชุบเลี้ยงและร่ำเรียนวิชานินจานับแต่นั้น
20 ปีถัดมา กลุ่มอาชินะได้ตกอยู่ในสถานการณ์สุ่มเสี่ยงที่จะถึงคราวล่มสลาย เนื่องอิชชินเริ่มล้มป่วย และทัพของข้าศึกก็เริ่มเข้าตีประชิดจากทุกด้าน เลยต้องดิ้นรนหาทางป้องกันไม่ให้อาชินะพินาศสิ้น ด้วยเหตุนี้ เก็นอิจิโร่ หลานของอิชชินเลยไปจับตัวองค์ชายคุโร่ ผู้เป็นทายาทสายเลือดอันศักดิ์สิทธิ์มา เพื่อหวังจะอาศัยพลังเลือดมังกรในการสร้างกองทัพที่เป็นอมตะ
ขณะเดียวกัน เซคิโระ เด็กกำพร้าเมื่อ 20 ปีก่อนก็ถูกเลี้ยงดูฟูมฟักจากฟุคุโร่จนเป็นนินจาโดยสมบูรณ์ และก็ยังได้เป็นองครักษ์พิทักษ์องค์ชายคุโร่ด้วย แต่ระหว่างที่เขากำลังจะพาองค์ชายหนีออกมา ก็ถูกขัดขวางโดยเก็นอิจิโร่ ผลคือเซคิโระเป็นฝ่ายเพลี่ยงพล้ำและถูกตัดแขนซ้ายก่อนจะล้มลงหมดสติไป ต่อมา เซคิโระก็ฟื้นขึ้นมาในวัดร้างแห่งหนึ่ง และได้รู้จักกับนักแกะสลักพระพุทธรูป ผู้ซึ่งเคยเป็นนินจามาก่อน อีกทั้งยังพบว่าแขนซ้ายของตัวเองที่ขาดไปได้ถูกแทนที่ด้วยแขนกลนินจาที่สามารถปรับแต่งให้เป็นอุปกรณ์อำนวยความสะดวกในการต่อสู้ได้หลากหลาย ก่อนที่จะออกเดินทางเพื่อตามไปช่วยองค์ชายคุโระให้สำเร็จ
จากนั้น เซคิโระก็ได้บุกเข้าไปยังปราสาทอาชินะและเผชิญหน้ากับเก็นอิจิโร่อีกรอบ ซึ่งในคราวนี้เซคิโระก็สามารถเอาชนะได้สำเร็จ แต่แทนที่องค์ชายจะใช้โอกาสนี้หลบหนีไปจากปราสาทอาชินะพร้อมกับเซคิโระ พระองค์กลับตัดสินใจที่จะอยู่ทำพิธีตัดอมรณา ซึ่งเป็นการชำระล้างคำสาปเลือดมังกรออกไป เพื่อที่จะได้ไม่มีผู้ใดมาเข่นฆ่ากันเพราะหวังแย่งชิงพลังนี้ไปทำให้ตัวเองเป็นอมตะอีก เซคิโระจึงยินดีที่จะช่วยองค์ชายด้วยการออกไปตามหาวัตถุดิบที่จำเป็นในการทำพิธี ทว่าพอได้ของครบและกลับมายังปราสาท เจ้าตัวก็ต้องพบกับฟุคุโร่ที่เขาคิดว่าเสียชีวิตไปแล้วเมื่อ 3 ปีก่อน โดยฟุคุโร่เผยว่าเขาเองก็เป็นหนึ่งในคนที่อยากครอบครองพลังเลือดมังกรจากองค์ชายคุโร่ด้วยเหมือนกัน พร้อมกับสั่งให้เซคิโระเลิกสวามิภักดิ์กับองค์ชายคุโร่เสีย
– ถ้าเซคิโระเลือกที่จะแปรพักตร์ ก็จะได้ประมือกับหมอยาเอมะ ตามด้วยอิชชิน พอสู้ชนะทั้งคู่แล้ว ฟุคุโร่จะประกาศกร้าวว่าถึงตอนนี้ก็ไม่มีอะไรหยุดแผนการยึดครองแผ่นดินญี่ปุ่นของตนได้อีกต่อไป ทันใดนั้น เซคิโระก็ใช้ดาบแทงฟุคุโร่จากด้านหลังจนตายตามไปอีกคน องค์ชายคุโร่เห็นดังนั้นเลยรู้ได้ทันทีว่าเซคิโระโดนพลังเลือดมังกรครอบงำไปเรียบร้อย ก่อนที่เขาจะไล่สังหารผู้คนในอาชินะจนเกือบเรียบ และแล้วในอีกหลายปีให้หลัง ตำนานเรื่องราวก็เล่าขานกันว่ามีปีศาจอันชั่วร้ายตนหนึ่งที่ซุ่มซ่อนอยู่ในดินแดนญี่ปุ่นสืบมา (คือเซคิโระนั่นเอง) // ฉากจบที่ 1
– ถ้าเซคิโระยืนยันที่จะจงรักภักดีกับองค์ชายคุโร่ต่อไป เขาก็จะต้องสู้กับฟุคุโร่เสียเอง หลังจากปราบได้แล้ว เซคิโระจึงมุ่งหน้าไปจัดการมังกรศักดิ์สิทธิ์เพื่อชิงเอาไอเทมน้ำตามังกรมา ซึ่งมันเป็นวัตถุดิบชิ้นสำคัญในการทำพิธีตัดอมรณา แต่พอเซคิโระกลับมายังอาชินะก็พบว่าอิชชินป่วยหนักมากแล้ว และเหล่าศัตรูของอาชินะก็เตรียมจะเข้าตีตัวปราสาทเต็มที ไม่นานนัก นินจาหนุ่มก็พบองค์ชายคุโร่ที่ด้านนอกปราสาท โดยมีเก็นอิจิโร่เป็น ก.ข.ค. อีกตามเคย แต่คราวนี้พอเราเอาชนะได้ เก็นอิจิโร่จะเอาดาบบั่นคอตัวเอง ทำให้อิชชินคืนชีพออกมาจากร่างของเก็นอิจิโร่ เพื่อเข้ามาดวลกับเราอีกคน เมื่อกำจัดอิชชินได้แล้ว เนื้อเรื่องตรงจุดนี้จะเกิดทางแยกสู่ฉากจบได้อีก 3 ทาง ขึ้นอยู่กับการกระทำของเรา ดังนี้
1. ถ้าเซคิโระเอาชนะได้โดยที่ก่อนหน้านี้ยังจำอดีตของตัวเองได้ไม่หมด องค์ชายคุโร่จะกินไอเทมน้ำตามังกรเข้าไป และสั่งให้เซคิโระปลิดชีวิตองค์ชายเสีย เป็นอันเสร็จสิ้นพิธีตัดอมรณา เซคิโระจำใจต้องทำตามคำสั่งอย่างเลี่ยงไม่ได้ หลังจากนั้น เซคิโระก็ปลีกวิเวกไปอยู่ในวัด ผันตัวเองเป็นนักแกะสลักพระพุทธรูป ในขณะที่หมอยาเอมะเป็นผู้ช่วยเก็บแขนกลนินจาให้ เผื่อมันจะได้ใช้ประโยชน์อีกในสักวันหนึ่ง // ฉากจบที่ 2
2. ถ้าเซคิโระเอาชนะได้หลังจากฟื้นความจำในอดีตของตัวเองครบถ้วนแล้ว เซคิโระจะให้องค์ชายกินไอเทมน้ำตามังกรเข้าไป แล้วจึงปลิดชีพตัวเองเพื่อให้แน่ใจว่าองค์ชายคุโร่จะมีชีวิตอยู่ต่อไปโดยปราศจากความเป็นอมตะ ต่อมาก็จะตัดเข้าสู่ฉากที่องค์ชายคุโร่เดินทางมาเคารพหลุมศพของเซคิโระก่อนที่จะออกเดินทางไปจากเมืองอาชินะ // ฉากจบที่ 3
3. ถ้าเซคิโระได้รับไอเทมอัสสุน้ำแข็งมาจากองค์ศักดิ์สิทธิ์ผู้คืนความเยาว์สำเร็จ หลังจากเอาชนะอิชชินได้แล้ว องค์ชายคุโร่จะกินอัสสุน้ำแข็งเข้าไปและละสังขารเข้าไปอยู่ในดวงจิตขององค์ศักดิ์สิทธิ์ผู้คืนความเยาว์ จากนั้นองค์ศักดิ์สิทธิ์ผู้คืนความเยาว์จึงตัดสินใจออกเดินทางไปยังถิ่นเกิดของมังกรศักดิ์สิทธิ์ เพื่อคืนพลังเลือดมังกรให้กลับสู่ที่ๆ ของมัน และเพื่อให้พ้นจากมือของมนุษย์ทั้งหลายที่แสวงหาพลังนี้ ขณะที่เซคิโระก็ขอติดตามองค์ศักดิ์สิทธิ์ผู้คืนความเยาว์ไปด้วย ในการร่วมปฏิบัติภารกิจที่ว่านี้ให้ลุล่วงไปตามประสงค์ขององค์ชายคุโร่ // ฉากจบที่ 4
