Zero Online เป็นเกมที่ได้รับรางวัลของการป้องกันโปรแกรมช่วยเล่นหรือ BOT ซึ่งนั่นคือเครื่องการรนตีได้ว่าจะต้องมีระบบป้องกันผู้ที่ใช้บอทอย่างแน่นอน ระบบคุกในเกม Zero Online มี 2 แบบด้วยกันคือคุกแบบทั่วไปและคุกแบบพิเศษ ดังนี้
1. คุกทั่วไป
กรณี ที่ผู้เล่นทำการเก็บเลเวลหรือยืนอยู่ในสถานะโจมตีได้ เป็นเวลานาน ๆ ระบบจะมีคำถามปรากฏขึ้นมาที่หน้าจอเพื่อทดสอบผู้เล่นว่าเป็นผู้เล่นจริง ๆ หรือว่าเป็น BOT และเมื่อตอบคำถามได้ ระบบจะมีรางวัลมอบให้ด้วย ซึ่งอาจจะเป็นเงินหรือว่าค่าประสบการณ์นั่นเอง แต่ถ้ากรณีที่ตอบคำถามไม่ถูกหรือไม่ได้ตอบนั้นระบบจำดำเนินการขั้นต่อไปคือ นำผู้เล่นดังกล่าวนั้นวาร์ปเข้ามาในพื้นที่ปิดตายหรือคุกนั่นเอง ซึ่งการที่จะออกไปจากคุกได้นั้นจะต้องรอเวลาสักพัก ( ประมาณ 20-40 นาที ) จะมีประตูวาร์ปปรากฎขึ้น ให้รีบไปที่ประตูวาร์ปนั้นทันที เนื่องจาก ประตูวาร์ปจะเปิดเพียงระยะเวลาสั้น ๆ เท่านี้ก็จะออกจากคุกได้
หมายเหตุ : คำถามที่ถามนั้นจะเป็นคำถามการบวกและลบเลขง่าย ๆ เช่น 1+1 = ??
2. คุกแบบพิเศษ
กรณีที่ผู้เล่นคนใดก็ตามไปเที่ยวไล่ฆ่าผู้เล่นคนอื่นแบบไม่มีการท้าดวลหรือ ว่าเป็นแบบ Fleet นั้นระบบจะมีขั้นตอนการลงโทษด้วยเหมือนกัน ก็คือ เมื่อไปฆ่าผู้เล่นคนอื่นนั้นตัวเราจะอยู่ในสภาพมีความผิด สังเกตได้จากชื่อ จะเป็นสีม่วงและแดง ( 2 สีนี้คือมีความผิดแล้ว ) ระบบจะทำการประกาศชื่อผู้เล่นคนนั้น เพื่อที่จะหาคนมาช่วยจัดการซึ่งถ้าเราชื่อเป็นสีม่วงหรือแดงแล้วเราโดนฆ่า เราก็จะไปติดคุกพิเศษ หรือถ้าไม่โดนผู้เล่นฆ่าแค่เพียงไปเดินเฉียด ๆ ยามที่เฝ้าตามประตูวาร์ปก็จะโดนจับส่งคุกเหมือนกัน และเมื่อเราเข้ามาในคุกแล้ว วิธีที่จะออกจากคุกทำได้ 2 วิธีคือ
2.1 รอให้สภาพที่ชื่อสีม่วงหรือแดงหายไปก็จะออกจากคุกได้ โดยการคุยกับ NPC ในคุก
2.2 จ่ายเงินเพื่อขออภัยโทษจำนวน 1.000.000 Gold Galaxy ก็จะได้ออกจากคุก
